Harran Üniversitesi, disiplinlerarası araştırmaları destekleyen gelişmiş altyapıya sahip çeşitli araştırma merkezlerine sahiptir. Bilim ve Teknoloji Uygulama Merkezi (HÜBTAM), tarım ürünleri odaklı Biber ve İsot Araştırma Merkezi (HÜNİSAM) ve Bilgi Teknolojileri Araştırma Merkezi (HÜBİTEK) gibi birimler, öğrenci ve akademisyenlere laboratuvar, cihaz ve proje desteği sunar.
Üniversitenin Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi (HÜBAP) ise projelerin finansmanı ve yönetiminde rehberlik sağlar. Ulusal ve uluslararası programlarla iş birlikleri yapılmakta, TÜBİTAK ve Erasmus+ gibi desteklerle araştırma kapasitesi artırılmaktadır. Ayrıca proje destek ofisi akademik personele başvuru süreçlerinde yardımcı olmaktadır.